Fryderyk Wilhelm Jüncke był synem urodzonego w Lubece kupca Fryderyka Antona Johanna Jüncke, który posiadał w Gdańsku winiarnię ratuszową (Rathskeller). Podejmował w niej m.in. króla pruskiego Fryderyka Wilhelma IV, cesarza Wilhelma I oraz cesarza niemieckiego i króla Prus Fryderyka III. Po śmierci Fryderyka Antona firmę prowadził jego syn Albert Theodor, a od 1867 roku również Fryderyk Wilhelm. W latach 1891‒1897 Fryderyk Wilhelm Jüncke był radnym Gdańska, ale też prowizorem kościoła i szpitala Bożego Ciała w Gdańsku. Kolekcjonował numizmaty, meble i dzieła sztuki.
W latach 1877‒1903 na zlecenie Jünckego Johann Heinrich Prochnow według projektu Karla Hofackera zbudował przy Shefflerstrasse 1‒3 (obecnie Goyki 1‒3) wspaniałą willę wraz z domkiem ogrodnika, oranżerią i winiarnią. Niestety Fryderyk Wilhelm Jüncke zmarł w Berlinie w 1894 roku, nie doczekawszy końca budowy. Po jego śmierci w domu zamieszkała jego żona Amanda Hermine Agnes z domu Claaszen oraz wnuk Hans Acker.
W okresie powojennym mieścił się tutaj żłobek tygodniowy (1945‒1957). Później willę podzielono na mieszkania komunalne, gdzie mieszkało osiem rodzin. W 2013 roku ostatnia z nich wyprowadziła się do nowego lokum. Opuszczony budynek inspirował młodych artystów, którzy zaczęli w nim tworzyć wystawy i organizować koncerty. Kolektyw Gnojki na Goyki aktywnie włączył się w proces oswajania przestrzeni willi dla sztuki. Regularnie pojawiali się w niej artyści związani z klubokawiarnią Dwie Zmiany i zapraszani przez nich goście.
W 2012 roku w Sopocie odbyła się pierwsza edycja festiwalu sztuki w przestrzeni publicznej ARTLOOP organizowanego przez Państwową Galerię Sztuki we współpracy z kuratorkami Emilią Orzechowską i Leną Dulą. Dla artystów kolejnych pięciu edycji festiwalu inspiracją było miasto z jego wizerunkiem letniego kurortu, ale również kameralnością wpisaną w miejsca nieoczywiste. Takim miejscem okazała się też willa Jünckego. Tutaj dziennikarz muzyczny Piotr Metz przez dwa lata organizował swój projekt Wieża ciśnień. W 2015 roku zaprosił do domowego muzeum, gdzie można było obejrzeć m.in. okładki płyt zaprojektowane przez Andy’ego Warhola czy wieżę z puszek po zupach Campbella. W budynku czekały na widzów slajdy i prezentacje filmowe, spontaniczne zdarzenia i niecodzienne opowieści. Na klatce schodowej w akustycznych odsłonach wystąpili Wojtek Mazolewski, Lilli Hats Roses i So Flow. W 2016 roku willa stała się domem Beatlesów z odtworzonym białym pokojem Yoko Ono i Johna Lennona.
Kiedy historia festiwalu dobiegła końca, jego pomysłodawczyni – ówczesna wiceprezydentka miasta Joanna Cichocka-Gula – zaproponowała stworzenie w miejsce festiwalu instytucji kultury, która realizowałaby i rozwijała najważniejsze idee przyświecające festiwalowi, a co więcej, wspomagała proces twórczy i służyła artystom kompleksową pomocą. W 2016 roku Miasto Sopot podpisało umowę związaną z przyznaniem środków unijnych na remont budynku Goyki 3. Powstał plan prac konserwatorskich i remontowych oraz zarys koncepcji związanej z funkcjonowaniem instytucji.
W 2019 roku powołano do życia instytucję Goyki 3 Art Inkubator, a w 2021 roku, po zakończeniu remontu, instytucja przeniosła się do nowej siedziby z wyjątkową historią, która do dziś pozostaje jej inspiracją.